En Région Auvergne-Rhône-Alpes, le réseau Natura 2000 est situé dans la zone continentale et comprend 260 sites qui couvrent 938 450 ha, soit 13,3 % du territoire régional dont :
- 211 sites en ZSC (zone spéciale de conservation) au titre de la directive Habitats. Ils couvrent plus de 9 % de la surface de la région Auvergne-Rhône-Alpes, soit 660 539 ha ;
- 7 sites en ZPS (zone de protection spéciale) au titre de la directive Oiseaux.