Ce site Natura 2000 a été désigné pour les chauves-souris. Neuf espèces différentes ont été identifiées dans ce tronçon de la vallée de l'Arcueil uniquement en période hivernale. Ces dernières années l'effectif moyen recensé lors des contrôles hivernaux est de 89 individus.
D'une année sur l'autre, le nombre d'espèces observées en hiver varie. Ces fluctuations sont à rapprocher d’éventuels coups de froid, qui précipitent les espèces arboricoles dans les galeries mieux tempérées que les cavités des arbres. Lorsque les dates de comptage suivent de près ces évènements climatiques, les résultats reflètent cet effet « refuge ».
Le Grand Rhinolophe est l'espèce la plus représentée sur le site (entre 55 et 60 % des effectifs) notamment grâce à la contribution d'une seule galerie (hors concession minière) qui héberge entre 35 et 50 % de son effectif ces dernières années. Pour ce taxon, cet ensemble de gîtes hypogés constitue un des quatre secteurs identifiés comme d’importance départementale. Cette forte présence témoigne de l'existence d'un gîte de reproduction localisé dans les environs qui n'a pas encore été découvert.
Le reste du cortège, d'affinité plus forestière (Murin de Natterer, Murin de Bechstein, Barbastelle, Murin à moustaches, Oreillard ind.) atteste d'un bon état de conservation de la forêt pour les chiroptères.
Les données proviennent de contrôles des gîtes effectués en hiver par les naturalistes d'Alter Eco et du CEN Auvergne. L'intérêt chiroptérologique du site a été découvert en 2000 (Alter Eco) mais il faut attendre la fin de la décennie pour que la totalité des cavités étant connues et suivies, les comptages soient représentatifs de la richesse et de la diversité du site.